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Laboratoire/Entreprise : Institut du Thorax
Durée : 24
Contact : alban.gaignard@univ-nantes.fr
Date limite de publication : 2023-07-13

Contexte :
Le projet ABRomics est coordonné par l’IFB et l’Institut Pasteur et est constitué d’un consortium de 45 équipes appartenant aux principaux organismes de recherche français.

Le projet ABRomics vise à développer une plateforme en ligne intersectorielle sécurisée One Health pour rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées associées à un méta-réseau de chercheurs comprenant des épidémiologistes, des microbiologistes cliniques et la communauté de recherche au sens large.
Cette plateforme répondra à deux objectifs principaux :
1. Établir un référentiel de données microbiologiques multi-omiques structurées, interopérables, normalisées et bien annotées.
2. Mettre en place une plateforme partagée pour faciliter la surveillance de l’antibiorésistance en médecine humaine et vétérinaire, y compris les isolats environnementaux et alimentaires, afin de permettre la surveillance de la transmission intersectorielle

Depuis de nombreuses années, la communauté scientifique développe des ontologies (vocabulaires contrôlés) pour de nombreux domaines. Elles permettent de représenter l’état des connaissances, mais également d’annoter, avec des termes ayant des définitions claires et partagées, des ressources scientifiques, par exemple des gènes d’antibiorésistance. Elles permettent également i) de définir les liens logiques entre des observations et des concepts formant ainsi des bases de connaissances ii) de rendre interopérables ces multiples bases de connaissances, iii) d’automatiser la recherche d’information et les déductions logiques.

Dans un contexte de sciences plus ouverte, l’enjeu pour ABRomics est donc de mettre à disposition de la communauté, via les standards du Web Sémantique (W3C) et les ontologies de référence (i.e., Antibiotic Resistance Ontology, ARO), des (méta)données initialement hétérogène, sous la forme d’un graphe de connaissances cohérent et interopérable avec des bases de données externes.

Sujet :
La personne recrutée aura pour mission de concevoir et développer un graphe de connaissances permettant d’intégrer, et d’exposer sur le web, des (méta)données non sensibles en s’appuyant sur les ontologies de référence pour les domaines de l’antibiorésistance et des approches “One Health” plus généralement. Ce graphe de connaissances permettra de lier des observations longitudinales multi-omiques, leur contexte environnemental ainsi que des phénotypes, facilitant ainsi les travaux de modélisation qui s’appuient sur des approches “Biologie des Systèmes”. Cette ressource permettra également d’améliorer l’interopérabilité des données (principes FAIR “Findable, Accessible, Interoperable and Reusable”) et d’inscrire la plateforme ABRomics dans une démarche de sciences plus ouvertes. Le/la candidat.e sera également chargé.e de développer un ensemble de ressources (requêtes, documentation) permettant à la communauté d’explorer et de réutiliser ces nouvelles connaissances sur l’antibiorésistance.

Profil du candidat :
Master 2 ou Ingénieur en informatique ou bioinformatique.

Formation et compétences requises :
Maîtrise de la modélisation de bases de données
Maîtrise du développement logiciel, dans un environnement Linux
Maîtrise d’un langage de requêtes (SQL, noSQL)
Maîtrise d’un langage de programmation parmi Python, Java
Une expérience d’un système noSQL serait un plus
Représentation des connaissances
Méthodologies de gestion de projet
Anglais technique
Intérêt pour la Biologie (génomique)

Adresse d’emploi :
Institut du Thorax, 8 quai Moncousu, 44000 Nantes.

Document attaché : 202306301550_2023_IE_E2C45_ABRomics.pdf